Skippers Erzfeind Dr. Seltsam ist zurück und noch dazu mit großen Welteroberungsplänen. Dr. Seltsam hat Geräte entwickelt, mit deren Hilfe er den Nordpol zum Schmelzen bringen will und somit die Menschheit ins Verderben stürzen möchte. Aber vorerst wissen unsere Pinguine nichts davon, viel mehr sind sie besorgt um King Julien. Der wurde nämlich von dem irren Doktor entführt. Sie machen sich auf ihn zu retten und geraten dadurch in einen heftigen Kampf mit den Schergen des Delphins. Julien, der sich mittlerweile mit dem Doktor angefreundet hat, lässt im weiteren Verlauf die Bombe platzen, indem er sich als Doppelagent outet. Er schafft es, die Geräte abzuschalten und den Planeten zu retten. Dr. Seltsam gelingt in letzter Sekunde die Flucht und schwört den Pinguinen Rache